Khi triều đại nhà Lý sụp đổ, triều đại mới nhà Trần, 1225-1400, đã đảm nhận nhiệm vụ và theo đuổi cùng chính sách. Vào khoảng năm 1306, họ đã vươn tới Đà Nẵng, giờ đây thuộc Nam Việt Nam. Sự trì hoãn tương đối trong việc đạt tới mục tiêu này có thể là một hậu quả của các cuộc xâm lăng ồ ạt của Mông Cổ vào năm 1284 và sự tàn phá mà chúng đã gây ra. Việt Nam đã không thể đáp ứng được các cuộc mạo hiểm phía nam trong khi mối đe dọa này còn tồn tại. Vào năm 1306, Kubilai Khan từ trần, và các người thừa kế ông ta, các vị vua trị vị ngắn ngủi và chết sớm, đã từ bỏ giấc mộng chinh phục toàn thế giới của mình. Trong triều đại nhà Nguyên (Mông Cô) sau này, Trung Hoa đã im lặng về đối sách với phương nam. Các vua nhà Trần của Việt Nam do đó đã có thể tái tục cuộc “Nam Tiến”, đến mãi tận Đà nẵng, nhưng có lẽ rằng bước tiến dài này đòi hỏi nhiều hơn những gì mà một triều đại đã sẵn vượt quá thời cực thịnh của mình có thể đáp ứng một cách an toàn. Trong năm 1371, người Chàm, trong một cuộc quật khởi hữu hiệu sau cùng, đã càn quét miền bắc và thực sự chiếm giữ và lục soát chính Hà Nôi. Tai họa này đã đẩy triều đại nhà Trần vào một tình trạng rối loạn từ đó nó không bao giờ hồi phục. Ba mươi năm sau đó nó đã bị thay thế vào năm 1400 và trong sự rối loạn tiếp theo sau, hoàng đế Vĩnh Lạc của Trung Hoa đã đạt được sự tái chính phục ngắn ngủi của ông ta tại Việt Nam (1407-27). Kế đó, tình trạng này đã được kết thúc với cuộc kháng chiến thành công của triều đại mới, nhà Lê, nhưng đã phải mất năm mươi năm trước khi cuộc Nam Tiến có thể tại tục trên một quy mô rộng lớn. Cuộc phản công của người Chàm trong năm 1371, được hỗ trợ bởi các tình huống trùng hợp với cuộc tấn kích, đã mang lại cho người Chàm một ân hạn trong một trăm năm.
Trong năm 1471, nhà vua Việrt Nam đã xâm lăng xứ Chàm với thế mạnh và đã chiến thắng toàn diện. Kinh đô bị chiếm cứ, một cuộc tàn sát quy mô các cư dân đã được thực hiện, và vương quốc Chàm đã thực sự bị hủy diệt. Số người Chàm còn sót lại ở mãi xa phía nam, vùng châu thổ sông Cửu Long, miền đất đã bị phân chia thành nhiều lãnh địa nhỏ, tất cả đều dưới quyền chủ tể củaViệt Nam. Người Việt đã đạt được phần lớn mục tiêu của họ, sự chinh phục miền nam, nhưng sự kiện này chứng tỏ sẽ tự nó trở thành một vấn nạn. Sự bành trướng vào các vùng đất mới, nơi ít dân hơn, có nghĩa là các di dân có khuynh hướng thụ đắc các đặc tính khác luôn luôn làm cho các di dân trở nên khác biệt. Họ trở nên ít phục tùng hơn đối với chính quyền trung ương xa xôi, độc lập hơn trong cách nghĩ và lối sống của họ. Họ đã khám phá rằng bởi việc di chuyển về phía nam người ta có thể để lại phần lớn một chính quyền đàn áp phía sau; nếu nó truy đuổi, người ta chỉ còn cách di chuyển đến vùng đất mới hơn, song lại phì nhiêu hơn. Không bao lâu chính quyền ở Hà Nội nhận thấy miền nam xa xôi khó kiểm soát được. Triều đại nhà Lê đã đi qua thời cực thịnh của nó hồi giữa thế kỷ thứ mười sáu. Hai gia tộc quan chức lớn đã chế ngự triều đình, và các âm mưu và sự thù nghịch lẫn nhau của họ đã đe dọa đến chế độ. Trong hai gia tộc, họ Trịnh có quyền lực lớn hơn tại Hà Nội, và trong năm 1558 họ đã âm mưu để tự loại bỏ đối thủ của mình, họ Nguyễn, bằng cách đẩy trưởng tộc họ Nguyễn được cử đi làm tổng trấn miền nam, với tổng hành dinh tại Huế. Việc này vừa dành cho họ Trịnh một thẩm quyền không bị đụng chạm tới trên các vua Lê yếu ớt, vừa để các khó khăn của miền nam cho đối thủ của họ giải quyết sao cho tốt nhất với khả năng của họ Nguyễn.
Nhà Nguyễn đã chứng tỏ rất có khả năng để đối phó với các vấn đề này. Giờ đây đã có điều tuơng đương, và được phát triển vững chắc, như một chính quyền trung ương mới tọa lạc tại chính miền nam, ở Huế. Chính nhà Nguyễn quan tâm đến việc mở rộng thêm nữa, để gia tăng lãnh địa của họ và tự mình củng cố để chống lại nhà Trịnh ở phương bắc. Sự bành trướng sẽ mang các kẻ định cư mới từ phương bắc vào, và miền nam vẫn còn thưa dân hơn nhiều. Chỉ trong vòng hơn một thế kỷ, vào khoảng 1692, các nhà lãnh đạo nhà Nguyễn tại Huế đã hoàn toàn trấn áp các lãnh địa Chàm còn lại và thực sự làm quốc gia đó tan biến đi. Một số cộng đồng người Chàm hãy còn hiện diện dọc bờ biển sâu phía nam của Việt Nam, và tại các quận huyện lân cận ở Căm Bốt, nhưng nếu kể như một dân tộc, người Chàm đã biến mất trong lịch sử. Nhà Nguyễn đã chiếm cứ Sàigòn trong năm 1691. Biến cố này chỉ xảy ra vài năm sau khi triều đại mới của Trung Hoa, Mãn Châu, dưới thời Hoàng Đế Khang Hi trẻ tuổi, mạnh bạo, sau hết đã trấn áp tất cả các đối thủ gốc Trung Hoa của ông ở miền nam Trung Hoa và chinh phục toàn thể đế quốc (1688). Sự kiện rằng nhà Nguyễn nhận thấy có thể tiến hành cuộc chinh phục lớn lao sau cùng ở miền nam, tức vùng châu thổ sông Cửu Long, vào một thời điểm khi mà đối thủ của họ tại Hà Nội, nhà Trịnh, phải dò chừng tham vọng và sự thù nghịch khả hữu của vị Hoàng Đế Trung Hoa hiếu chiến và say men chiến thắng chắc chắn có ý nghĩa quan trọng. Sự lúng túng của nhà Trịnh đã là cơ hội cho nhà Nguyễn.
Nhà Nguyễn đã không mấy lo sợ về Khang Hi; họ thu nhận vào các vùng đất mới chinh phục không chi dân di cư gốc Việt mà còn cả các người tỵ nạn Trung Hoa trốn tránh sự chinh phục của Mãn Châu thuộc miền Nam Trung Hoa; một số trong các người này đã thành lập ra Chợ Lớn, thành phố chị em của Sàigòn vẫn còn được cư trú bởi người Trung Hoa. Các người khác định cư tại châu thổ sông Cửu Long. Trong các thời đại sớm hơn, không chế độ Việt Nam nào dám chứa chấp các kẻ địch của Hoàng Đế Trung Hoa. Nhà Trịnh ở Hà Nội vẫn còn ở trong vị thế này, nhưng nhà Nguyễn miền nam có thể coi thường sự cấm đoán cổ xưa này và không cần biết đến Trung Hoa; họ có nhà Trịnh nằm ở giữa. Sự kiện này soi sáng sự thay đổi lớn lao mà cuộc Nam Tiến đã mang lại trong các quan hệ giữa vương quốc Trung Hoa và nước “triều cống” của nó, An Nam. Nước triều cống giờ đây là một vương quốc to lớn, và nửa miền nam của nó ha6`u như không tiếp cận với quyền lực Trung Hoa trực tiếp. Người Mãn Châu, một dân tộc đại lục, không bao giờ đi đường biển, cũng không duy trì các lực lượng hải quân lớn và hữu hiệu. Đế quốc Mãn Châu vào chính thời gian này đang sẵn sang dấn thân vào các chiến dịch xa xăm để chinh phục xứ Mông Cổ, vùng trung Á Châu và Tây Tạng. Một thế kỷ sau đó nó đã thực hiện một kỳ công đáng kể của việc vượt qua Hy Mã Lạp Sơn và chinh phục Nepal, nhưng nó không mưu toan tái chinh phục Việt Nam, bắc hay nam, nhà Trịnh hay nhà Nguyễn. Hệ thống, giờ đây đã được thử nghiệm trong nhiều thế kỷ, theo đó Việt Nam đã sẵn nhìn nhận quyền chủ tể của Hoàng Đế và tham gia trọn vẹn vào văn minh Trung Hoa đủ để thỏa mãn lòng kiêu hãnh và ít gây tốn kém cho hầu bao của các nhà cầm quyền Trung Hoa.
Sự loại trừ xứ Chàm, và sự sống sót lâu dài đến thế của nó, có liên hệ mật thiết với các sự may mắn của một đất nước mà Việt Nam đã có ít sự tiếp xúc trực tiếp trước đây, Căm Bốt. Sự ngừng nghỉ lâu dài trong cuộc Nam Tiến theo sau sự tiến bước tới vùng vĩ tuyến thứ 17 năm 1609, trước bước tiến lớn lao đến Đà Nẵng năm 1306, là một phần trong cùng thời kỳ mà nhà vua vĩ đại của Căm Bốt, Jayavarman VII đang theo đuổi cuộc chinh phục của ông ta tại miền nam xứ Chàm. Ông ta đã chiếm giữ nước đó cho đến khi từ trần, vào năm 1218, tuy thế Chàm đã dành lại được nền độc lập sau đó. Ngay trước thời trị vì của ông, Việt Nam đã phải dè chừng về quyền lực Căm Bốt như là một kẻ tranh dành sự thừa kế di sản Chàm. Trong suốt thế kỷ thứ mười hai, từ 1123 trở về sau khi Nhà Vua Suryavarman II tấn công chính An Nam (như sẽ được lập lại một lần nữa vào năm 1150), quyền lực Căm Bốt tích cực hoạt động tại phía nam của đất nước giờ đây là Việt Nam, cả hai bên đều chống lại người Chàm, và đôi khi liên minh với họ [người Chàm]. Sự thụ động tương đối của nhà Tống ở Trung Hoa, đúng ra nên khuyến khích người Việt đẩy mạnh cuộc Nam Tiến, đã được cân đối bởi sự tích cực của Căm Bốt trong vùng mà một cuộc Nam Tiến như thế sẽ nhắm tới. Vua Jayavarman VII đã là nhà chinh phục Căm Bốt vĩ đại cuối cùng; các chiến dịch của ông, và các kiến trúc của ông, đã làm khô cạn các tài nguyên của vương quốc, và trong thế kỷ thứ mười ba, Căm Bốt bước vào trước tiên một thời kỳ yên tĩnh kéo dài sang thế kỷ sau thành sự suy sụp. Sự giảm bớt áp lực của Căm Bốt này cho phép người Chàm phóng ra cuộc phản công vĩ đại sau cùng của họ vào Việt Nam trong năm 1371 tương tự như thế, sau khi cuộc chinh phục của nhà Minh vào Việt Nam bởi Hoàng Đế Vĩnh Lạc bị kết thúc trong năm 1427, việc này đã mang lại cho Việt Nam quyên tự do hành động cần thiết để chinh phục nước Chàm năm 1471.
Vào thời gian mà người Việt Nam tiến vào châu thổ sông Cửu Long, Căm Bốt, dưới áp lực thường trực của người Thái, các kẻ triều cống trước đây nay trở thành các kẻ địch hùng mạnh, đã bị bắt buộc từ bò Angkor; và các vị vua của nó đã được tạo lập một cách khá bấp bênh nơi hạ lưu sông Cửu Long, bao gồm phần lớn vùng ngày nay là châu thổ phía trên. Chính vì thế, người Việt Nam sau khi hủy diệt các lãnh địa Chàm đã lập ra một biên giới chung với một nước Căm Bốt suy yếu và bị quấy rối. Áp lực trước đây được đặt trên người Chàm đã được chuyển sang người Khmer, những kẻ dần dà bị buộc rời khỏi vùng châu thổ. Sự đối đầu giữa một Căm Bốt suy yếu và một Việt Nam đang bành trướng dưới các chúa nhà Nguyễn mang lại sự thù nghịch lâu dài giữa hai dân tộc. Người Khmer lo sợ cùng số phận của người Chàm, và nhìn thấy xứ sở lưu vực sông Cửu Long màu mỡ của chính họ như là khu vực kế tiếp cho sự bành trướng của Việt Nam; người Việt Nam không ngừng cuộc Nam Tiến, và dưới thời Pháp thuộc, vẫn tiếp tục trong thực tế cho xâm nhập các người định cư vào Căm Bốt.
Cuộc Nam Tiến, đặc biệt các giai đoạn về sau của nó khi một số tỷ lệ dân số bị trị bị đồng hóa vào dân Việt Nam chiến thắng, đã có ảnh hưởng làm loãng đi và thay đổi một cách tế vi tính chất văn hóa Trung Hoa mà người bắc Việt Nam đã chấp nhận quá lâu. Dân chúng của các tỉnh miền nam ít bị xâm nhập và kiểm soát nặng nề bởi tầng lớp học thức – học tập Khổng Học Trung Hoa – so với miền bắc. Các điền sản thì lớn hơn, tỷ lệ các nông dân cao hơn tỷ lệ các điền chủ. Hậu quả, văn hóa Khổng học miền bắc bị thách đố bởi một phần các giáo phái và khuynh hướng tiền-Việt Nam, một phần bởi các giáo phái và khuynh hướng mới tự phát ở miền nam. Đạo Phật nở rộ, và mang tính chất một tín ngưỡng bình dân như đối kháng lại một tín ngưỡng chính thức. Chắc chắn nó đã thu hút sức mạnh từ tính chất Phật Giáo của các phần tử Chàm và Căm Bốt trong dân chúng. Về sau các giáo pháo bản xứ đã phát sinh, một số hãy còn tiếp tục. Sau sự du nhập Ki-tô-giáo, đạo Công Giáo đã có sự tiến triển mau lẹ. Các chuyển động này có thể được nhìn một phần là vì sự suy giảm tác động của nền văn minh Trung Hoa thuần túy ở một khoảng cách xa xăm hơn với nguồn cội, và một phần vì các nguyên do xã hội, tính chất độc lập của một dân số nông dân mở đường khai phá đối lập với các sự cao ngạo của tầng lớp địa chủ.
Sự kiện rằng chính miền nam đã là nơi mà các du khách và các nhà mậu dịch Âu Châu đến đầu tiên, mang theo họ các tư tưởng mới và một tôn giáo mới, đã bổ túc cho sự khác biệt cấp miền đang phát triển này. Nó diễn ra vào khoảng hai mươi năm trước khi chức phó vương kinh lược (hay tổng trấn: viceroyalty) miền nam được thiết lập dưới sự lãnh đạo của họ Nguyễn (1558), rằng chiếc tàu Bồ Đào Nha đầu tiên đã cập bến duyên hải Việt Nam (1535). Các nhà truyền giáo đã sớm theo bước các kẻ hải hành ban đầu và tìm thấy vùng đất xa xôi phía nam, châu thổ sông Cửu Long, một cánh đồng tương đối phì nhiêu cho sự nỗ lực của họ. Các yếu tố phác họa ở trên làm suy yếu sự chống đối phổ thông đối với một tôn giáo mới, và sự dễ dàng và tiến bộ của các việc cải đạo Công Giáo tại miền nam chắc chắn phản ảnh một khía cạnh trong tính chất người dân miền nam Việt Nam, trong thực tế, đến tính chất của mọi người Việt Nam, đánh dấu một sự khác biệt rõ ràng giữa họ và chính dân tộc Trung Hoa. Có thể là một dân tộc sẽ luôn luôn ý thức một cách khó chịu về sự kiện rằng nền văn hóa của họ mang tính chất ngoại lai và nguyên thủy bị áp đặt bởi sự chinh phục. Các truyền thống tương tự của sự chống đôi, che dấu và bình dân hơn là công khai và quý tộc, đối với các nền văn hóa ngoại quốc bị áp đặt xuất hiện tại nhiều nơi trên thế giới (Ái Nhĩ lan (Ireland) là một thí dụ tốt). Một sự biểu lộ của thái độ này, có tầm quan trọng lớn lao đến văn hóa tương lai của Việt Nam và mối quan hệ của nó với Trung Hoa, đã là một hậu quả gián tiếp của nỗ lực truyền giáo.
Đối diện với sự khó khăn gấp đôi của sự phức tạp và phạm vi của văn tự biểu ý (ideographic) của Trung Hoa và sự kiện rằng phần lớn dân chúng mù chữ, các nhà truyền giáo đã quyết định tạo ra một cách ký âm bằng mẫu tự la mã cho tiếng Việt (là một ngôn ngữ cho phép làm việc này) và sáng chế ra Quốc Ngữ [tiếng Việt trong nguyên bản, ND], bản ký âm bằng mẫu tự la mã cho ngôn ngữ nói của Việt Nam. Sau đó họ đã phiên dịch các tài liệu tôn giáo thành tiếng Việt với sự sử dụng loại hệ thống chữ viết này. Một sự phát triển như thế sẽ không bao giờ khả thi tại Trung Hoa: trước tiên bản chất của một ngôn ngữ phần lớn là từ đồng âm (homophonic) tự nó không thích nghi với sự ký âm bằng mẫu tự [la tinh]; thứ nhì, sự kính trọng của người Trung Hoa và sự hãnh diện về hệ thống văn tự biểu ý của chính họ sẽ tức thời sỉ nhục bất kỳ sự ký âm mới nào là “man rợ”. Các nhà truyền đạo Công Giáo ban đầu tại Trung Hoa, đã đi theo một con đuờng đúng là đối nghịch với các đồng sự của họ ở Việt Nam, đã học tiếng Trung Hoa và trở thành các học giả tinh thông về văn chương và ngôn ngữ cổ điển. Quốc Ngữ đã được loan truyền một cách mau lẹ, và vượt quá phạm vi các khối người cải đạo Thiên Chúa. Nó đương nhiên khơi lên sự báo động của giới quan chức học theo Khổng Học và địa chủ, bởi nó đâm thọc vào các nền tảng thẩm quyền và uy tín của họ. Ngoài ra, nó không phải là một hệ thống được chấp nhận để ký âm ngôn ngữ Trung Hoa cổ điển, và vì thế không giúp ích gì cho các nhà giáo dục cổ truyền. Giống như bên Trung Hoa, ảnh hưởng quan trọng tối hậu của sự rao giảng đạo Ki-tô, hiện diện ngay từ các giáo sĩ Dòng Tên đầu tiên được tuyển dụng bởi Triều Đình như các nhà thiên văn và toán học, chính là việc gieo những hạt mầm quan tâm đến khoa học tự nhiên, tại Việt Nam cũng thế, ảnh hưởng quan trọng tối hậu là sự tạo lập (cũng từ các giáo sĩ đầu tiên) một công cụ thích hợp để phổ biến và tăng cường văn hóa dân tộc đối lập với văn minh ngoại lai có nguồn gốc Trung Hoa.
